〇、序章
讲述你们和三御羽琉星相遇的故事。
土方骸从名叫海爪丸的海盗船上逃离，却落到了巨大海兽“云中盘蛇”的腹中。三御羽琉星斩杀了云中盘蛇、救出了土方骸，并把他交给土方护抚养。
羽佐间茜的母亲被浅仓家的武士找到，他们试图把她带回浅仓家；暗中前来探望的三御羽琉星击败了武士们、救出了茜和茜的母亲，并说服武士首领大藏正一郎脱离浅仓家，成为羽佐间茜的剑术师范。
武颜的氏族被海兽群袭击，三御羽琉星在追查玄海家灭族真相时来到灰鳞氏族，拦截了为首的九头海蛇。但为时已晚，灰鳞氏族已经族灭，妹妹雪子不知所踪，武颜和黑衣忍者同归于尽。随后七野樱正辰媛降临，救了武颜，并将灰鳞氏族守护的圣剑片樱石筑赐给了他。
霞叶的村庄被邪鬼小狐丸屠杀后，他一直在追击小狐丸，在路上结识了三御羽琉星。霞叶发现小狐丸的气息出现在攻入北原藩的朱枚家大营中，一番探查后，发现小狐丸信行出现在朱枚家公子身上。经历了一番游说后，霞叶并未能成功说服朱枚家公子，而小狐丸已然开始暴走，屠灭了整座大营。霞叶勉强封印了小狐丸的剑身，将其投入了云仙岳火山之中。
为祸北原的邪鬼，鬼胫丸吾家再度出现，这次它的目标是谏山仁所居的鹰回城。刺探之后谏山仁决定邀请援军，但来到北原首府羯栏城后，北原的盟主高取玄尚并不愿意提供帮助。谏山仁想要招募勇士讨伐鬼胫丸，只有三御羽琉星响应。二人回到鹰回城后，发现鬼胫丸已经攻入城内；谏山仁搏命拖延鬼胫丸化身成的邪鬼，而后三御羽琉星以秘剑击杀了鬼胫丸。
一、辉耀公主
三御羽琉星邀请你们来到丹叶城，请求你们帮助他迎娶安央家的辉耀公主。拜访安央家时，你们结识了名叫束花景明的公子，他是追求辉耀公主的另外四位公子之一。你们也得知了其余三位竞争的公子分别来自海江田家、山行家和尾冢家。你们打劫了一个落魄公卿，借了他的衣服，并从后山摘得一支野花作为礼物，但遭遇了敌人的伏击。
你们进入安央家后，得知了迎娶辉耀公主需要寻得五件宝物——鬼神断角、通灵宝玉、黑潮鲨鳍、胭脂玉枝、月光水仙——的要求。你们决定向霞津姬命寻求帮助，她同意提供线索，但要求你们拿七野樱正辰媛的樱饼给她。
你们来到了玉翎山顶的正樱大社，从七野樱正辰媛处获得了胭脂玉枝（在岳中藩胭脂湖）、鬼神断角（黑雷国大御神的断角）和月光百合（束花家的家传圣物）的线索，在去往落霞大社时击退了袭来的忍者。
在落霞大社，你们遇到了狂气的海江田纯哉，他和三御羽琉星是意见不和的旧识，你们和他发生了一些冲突，而他手下的武士有着出人意料的疯狂。你们从霞姬处得知了海江田家和菖蒲岛玄海家的旧事，并决定先去寻找胭脂玉枝。
二、胭脂玉枝
你们离开了落霞大社，直奔岳中藩胭脂湖，胭脂玉枝所在之处而去。你们的小船无法逆流而上，但你们偶遇了驾驶巨舰、以术法开路的束花景明，他邀请你们同行。他带着一位叫彩月的侍女，名叫海音林檎的海蛇人武士暂时担当他的护卫。当船开到胭脂湖上时，一群忍者突然袭击了你们，巨舰严重受损，霞叶和海音林檎落到了湖底，无法救援的你们只能暂时停靠在岸边。
在胭脂湖边，一只半是猛虎、半是琥珀的怪物袭击了你们。随后你们发现湖边的树木都变成了琥珀等等各色宝石，地上的尸体也被琥珀侵蚀。你们想要在胭脂湖畔的琥眼城落脚，但无法进入北城，只能进入南城，而琥眼城卫兵的说法则不怀好意。
进入南城后，你们发现这里简直是人间地狱；里面全都是挣扎求生的难民，而他们很多被玉石化纠缠着。随后你们被一群相对健壮的汉子围住，随后一名叫疤面女亚子的女子替你们解了围，随后你们了解了胭脂湖能把活物变成宝石，琥珀果是效果不佳的解药，琥眼南城被帮派统治、而琥眼北城以及藩主永易驱使南城难民从胭脂湖获得——或变成——宝石，胭脂湖完全是永易养寇自重的真相。
你们亲眼见证了井上一家骨肉分离、帮派欺压难民的景象。借助亚子的帮派掀起的混乱，骸成功潜入了北城，探听到永易大名用北城的声色犬马拉拢显贵的模样。骸打听到尾冢家的公子也来到了琥眼城，并摆脱了尾冢公子的亲卫，狐族武士甚雄的追击。在井上家女儿的舍命援助下，骸脱离了北城返回南城。
你们借助这一次难民出城进入胭脂湖的机会，击破琥眼城的守卫，突入了胭脂湖底。在胭脂湖底的秘境中，你们发现了那株极为庞大的胭脂玉树，落入此地的人和树木都变成了活生生的玉石，并得知了要想脱离这秘境，必须毁掉胭脂玉树的消息。然而胭脂玉树有强大的白玉游龙守卫，又会不定时产生白玉兽潮削弱人们，因此他们至今没有逃离，且分做了激进和保守两派，你们遇到的是激进派。你们也得知了白玉游龙距离玉树越远、游龙力量越弱的信息。
与此同时，湖底的霞叶和海音林檎落到了胭脂玉树的根须迷宫，发现了白玉兽潮的来源，并在白玉游龙的恐怖力量下逃离。霞叶得知了海音林檎是来自畿海一个叫紫玉林的地方，并得知紫玉林封印着一只可怖的邪鬼、而海音林檎想尝试击败邪鬼要收集霜碎珠、墨染水晶和蓝琥珀三种钥匙的事情。
霞叶和海音林檎在探索出口、收集食物时，发现琥珀果并非缓解玉石化的解药，而是具有玉石化后仍可正常行动的功能。随后两人找到了根须迷宫的出口，得到了探索迷宫并牺牲的前人留下的传讯法术，在远离白玉游龙之处离开了胭脂玉树。
你们在了解胭脂湖底人们的生活时，发现了霞叶的传讯法术，在你们赶到时，发现保守派的人们已经提前赶到、帮助了霞叶和海音林檎。汇合后的你们回到了激进派的营地，却迎来了白玉兽潮攻击营地。尽管这一波兽潮被轻易击退，但前来求援的人告诉你们，保守派遭遇了前所未有的兽潮，你们决定出击支援。
在保守派营地，你们击败了四只白玉巨兽，但保守派的营地也被摧毁了。残余的人们决定背水一战；而保守派的领袖武士青池带来了“白玉游龙会不计代价追索胭脂玉树果实”的情报。于是你们决定先将白玉游龙引到防御圈边缘，并全力出击暂时压制，再派遣精干小队攀上胭脂玉树获取玉枝和果实，再凭借玉枝和果实将白玉游龙引出防御圈之外斩杀的计划。
随后，你们击破路上阻拦的白玉兽，使用不动权杖搭成阶梯攀上玉树，获得玉枝后以云族滑翔翼飞离。击败了阻路的白玉猩猩后，你们落到了预设的战场，在此期间你们发现了胭脂玉枝能用来转移生命力的奥秘。随后白玉游龙带领兽潮前来袭击，兽潮被湖底人们阻拦，你们则将白玉游龙斩杀。
白玉游龙死后，胭脂玉树便自灭了，湖底的秘境发生了大爆炸，把湖底所有人都送上了岸边。但彩月小姐被水晶树枝刺中，命不久矣；利用胭脂玉枝，你们将生命力分给束花彩月拯救了她，但胭脂玉枝也消耗掉了。此时七野樱正辰媛再度降临，让武颜从过去的时间流中摘取了一支胭脂玉枝。
七野樱正辰媛将武颜送往过去，完成了时间线上的三件使命：和灰鳞氏族的祖先会面、阻拦追击骸的甚雄、在胭脂玉树毁灭前折取一支玉枝。
随后，你们返回了琥眼南城，发现大名永易已经来到和琥眼城，即将开始清洗南城。而南城的帮派们也要团结一致，抵御永易大名的军队。在轻易驱逐跳梁的叛徒后，南城的帮派们重组成了军队，而湖底生还的人们提供了大量的盔甲、武具和攻城器械。
琥眼城的军队被土方骸起名为“烈阳军”，制定了埋伏巷战的计划，并由骸伪装成内奸将永易的军势引入城内。在乱战中，永易被你们击杀，而永易的军势也随之崩溃。琥眼城被烈阳军掌握，而亚子也通过手腕成功获得了岳中藩藩主之位，琥眼城也开始走上正途。
与此同时，你们发现永易大名的幕后支柱是尾冢家，胭脂玉树的秘密也是尾冢家告诉永易的。而后，束花公子将自己持有的月光百合交给三御羽琉星，并退出了辉耀公主的争夺，决定迎娶束花彩月。而知道你们目的的海音林檎邀请你们前往畿海紫玉林，并说那里有通灵宝玉和武颜妹妹雪子的消息。
三、通灵宝玉上
你们离开琥眼城，取道水路前往紫玉林。在畿海上，你们遭遇了尾冢家战舰的拦截，为首的是曾经追杀过土方骸的尾冢家大将斋藤道一。击退斋藤道一后，你们在畿海地方的首府双礁渡短暂休整，随后前往紫玉林。
在紫玉林，你们见到了武颜的妹妹雪子，以及海音氏族的族长海音琉璃。你们知道雪子和海音琉璃已经结成秦晋之好。在海音琉璃口中，你们得知紫玉林是通灵宝玉的守护者，而邪鬼夡烈牙为了通灵宝玉的重生之力前来抢夺，羽佐间茜的父亲浅仓剑响在紫玉林力战邪鬼夡烈牙而死，而恪己剑信行、通灵宝玉以及被重创的邪鬼夡烈牙都被封印在这里的三重晦明大结界下。想要进入晦明大结界，就要收集三种作为钥匙的信物，而现在还欠缺出产自菖蒲岛的墨染水晶。
在紫玉林度过新年后，你们乘船前往菖蒲岛，但船被突兀出现的龙卷摧毁，碰巧你们被路过的日渐丸所救，你们见到了骸的父亲土方护。从土方护处你们知道，最近一段时间菖蒲岛附近经常出现风暴，墨染水晶被掌权的海江田家限制，而海音林檎单枪匹马杀入出产墨染水晶的岛南地穴，现在整座菖蒲岛都处于戒严中。
你们前往土方护暂时栖身的阿久津家，他们和海江田家同为玄海家的旧臣。阿久津家支持你们去破坏岛南地穴，并告知骸的剑术师范胧云可以作为助力；他们提供了一种海江田家秘制后的珍珠果，它唯一的作用就是吸引海兽并让它们失去理智。你们发现无论是灰鳞氏族，还是昔日玄海家，都是被海江田家设计引来海兽毁灭的。
你们决定进入岛南地穴，用珍珠果吸引海兽毁掉岛南地穴。在路上，你们遇到了骸的剑术师范胧云，并且再次遇到了海江田家武士服下秘药后变得极度疯狂的情况。
在路上你们假扮海江田家的士兵，借助海江田家的战舰混入了防御圈内，进入了岛南地穴之中。你们捉住了一个名叫小次郎的海江田家的兵士，并说服他帮助你们，并且成功骗过了岛南地穴的主管者松井俊忠。
你们在岛南地穴的指定位置撒下了珍珠果，并找到了易容混进海江田家巡逻队的海音林檎。但这里名叫鬼岛的忍者头目一直在追杀海音林檎，并且堵截住了你们；在击杀鬼岛后，你们发现他竟然化身成了能够御风的邪鬼。
击杀邪鬼后，海兽潮已经攻入了岛南地穴。你们顺路救下了一名海江田家的将军，并说服他叛离海江田家。随后你们进入了岛南地穴的核心藏宝殿，杀死了攻入这里的四足海鲨。
而后你们惊讶地发现，海江田家家主海江田立景在此地重伤濒死，他死前请求你们拯救海江田纯哉。随后你们收集了一些墨染水晶，并通过讯号联系上日渐丸，乘船离开。你们得知海江田纯哉和海江田家水军的旗舰离开此地北上，你们决定让海音林檎带着三件信物先一步离开，你们继续追击海江田家的旗舰。随后海江田纯哉御风而至，并获得了海江田立景的遗物。
在和海江田纯哉的战斗中，你们发现海江田纯哉能够显露出神明般的力量，但他体内似乎有两个矛盾的人格，并不能完全发挥他的神力。随后附身在海江田纯哉身上的邪鬼露出了本相，正是三百八十年前被霞叶祖先长尾信行封印在敛心剑信行中的、名叫风津童子的邪鬼。不知为何风津童子并没有杀死你们，而是环绕菖蒲岛掀起了通天彻地的风暴，把菖蒲岛从海国彻底分离。
四、黑潮鲨鳍
风津童子掀起风暴时，七野樱正辰媛想要突破风暴，但霞津姬命担心风津童子会破坏天宇结界，因而七野樱正辰媛只能前往风暴外围伺机而动。
在风津童子掀起风暴之后，离开菖蒲岛成为不可能的事。但奇怪的是，三御羽琉星也突如其来地衰弱下去。日渐丸在风暴中被摧毁了，土方护和胧云解封了玄海家封印起来的黑冰船，它也是黑流的灵魂。你们检查了海江田立景的遗物，发现那是一句俳句，指向黑流港天守阁。你们决定去寻求一位名叫苍原羽的刀匠的帮助，他也曾在玄海家居住过，是土方护和三御羽琉星的朋友；但在此之前你们要先回到阿久津家驻地警告他们。
你们向土方护询问黑潮鲨鳍的线索，得知玄海家的家纹正是浮出海潮的一支鲨鳍，黑潮鲨鳍可能是旧日玄海家的一件宝物。乘坐黑冰船快速赶回阿久津家驻地后，你们说服阿久津家大长老撤离这里，并建立反抗风津童子的同盟。但阿久津家的二三长老带着金银财宝和快船逃离，你们不得不先牵制海江田家的前锋舰队。
击破阿久津家的前锋舰队后，风津童子来到此地，你们成功逃离，但阿久津家的战船被尽数摧毁。然而提前离开的阿久津家的货船都成功脱离。到达阿久津家藏身地后，你们发现阿久津家已经被他们的策士、狐族术士玖苟掌握。他愿意和你们一起建立反抗风津童子的同盟，并提议转移到青沼深处风津童子的神社，那里是风津童子不愿接近的地方。并且他具有暂时操控圣剑的手段，他希望寻找到玄海家的圣剑黑流菖蒲，以此来伪装成玄海家的继承人，掌握菖蒲岛。
玖苟带着阿久津家向青沼转移，你们则去黑流港寻找海江田立景的遗物。从小次郎处你们得到了菖蒲岛最大的地下势力雪刃组的联络方式。骸孤身前往黑流港周边探路，发现菖蒲岛已经有许多活不下去的人造反，而海江田本家和分家们也不是同心协力，并且发现黑流港巡逻队是通过信物来相互确认的。你们伏击了一队巡逻队，获得了他们的信物。
凭借信物进入天守阁后，你们联系到了雪刃组，得知了海江田家忍军经常接收互相矛盾、自相残杀的命令的奇异现象。你们在雪刃组的帮助下击败了卫兵，冲进了黑流港的天守阁。守卫在天守阁顶的是海江田立景的叔父，分涛流剑圣海江田正守，他是在思维正常的海江田立景的要求下守卫海江田立景的遗物的。
你们通过了海江田正守的考验，获得了海江田立景留在天守阁顶的遗物；你们发现那是海江田立景的日记，以及敛心剑信行的剑身，里面封印的风津童子早已脱困。在日记中你们知道，封印着风津童子的魔剑“风牙”正是尾冢家交给海江田立景的，而其中封印的风津童子缓慢地控制了海江田立景的意识。那把魔剑是尾冢家用秘法将封印着的风津童子从敛心剑信行上转移到一把新的剑身上，因此他才没有联想到敛心剑信行和风津童子。海江田立景在清醒的时候海江田立景写下了这本日记，并想办法将线索留给后人。
在日记中，你们也了解到了一些其他线索：珍珠果带有风津童子的气息，海兽群其实是在攻击风津童子的化身；尾冢家的公子尾冢蝉和尾冢家家主尾冢新助并不是一条心，他带来了敛心剑信行的剑身；玄海家的圣剑、建麻吕神的佩剑如今还封印着黑流之源，而进入黑流源的法阵就在岛南地穴的最深处。
你们避开返回黑流港查探的风津童子，去往青沼深处的风津童子神社，见到了永生的刀匠苍原羽，并得知了神明虽然不朽，但祂的神相会因信仰不同而改变的知识。苍原羽向你们讲述了长尾家三支后人守护三把魔剑的历史，并指出集齐七野樱正辰媛的力量、黑雷国大御神的力量和建麻吕神的力量，重新施展晦明大结界，就能将风津童子再度封印在敛心剑信行的剑身里。
在青沼会盟之前，苍原羽用习自葛叶姬处的秘法唤醒了十胜镜和灵蛇丸的力量；玖苟截住土方护密谈，却反被骸偷出作为密谈地点的卷轴，和土方护通风报信。毫无察觉的玖苟在因势利导下，做出了让骸假扮玄海家后人，取得圣剑黑流菖蒲的决定。
菖蒲岛的各路诸侯依次到来，你们和这些群雄暗中交涉，确立了暂时听从玖苟、击败风津童子再做打算的共识。随后你们向岛南地穴进发，闯过围攻此地的海江田家水军，发现雪刃组和你们之前救下的海江田家将军已经将此地攻下、等待你们到来了。
来到黑流源后，玖苟施展秘法却被黑流菖蒲剑反噬而死，而圣剑却认同了土方骸，原来土方骸就是玄海家失踪的末裔。三御羽琉星认出所谓黑潮鲨鳍就是黑流菖蒲剑的环头，但是他却无法说明自己是从哪里知道这条知识的。
就在此时，风津童子击破雪刃组的防线，将岛南地穴整个扯碎，落在了你们面前。你们将风津童子压制，苍原羽施展晦明大结界封印了风津童子。环绕菖蒲岛的风暴消失，七野樱正辰媛现身，决定亲自看管敛心剑信行和风津童子。
在环绕菖蒲岛、隔绝内外的风暴消失后，三御羽琉星也渐渐恢复。黑流再度出现，菖蒲岛重新团结起来，但骸选择从菖蒲岛主之位逃跑，继续冒险。七野樱正辰媛告诉你们，在紫玉林夡烈牙的封印已经不稳，而黑雷国的浅仓家也派出人马想要索取恪己剑信行，请求你们到紫玉林解决上一代遗留的问题。而摆脱风津童子的海江田纯哉一人一舟，离开了菖蒲岛开始旅行。
五、通灵宝玉下
你们离开菖蒲岛返回紫玉林，在路上发现风涛和樱原之间开始剑拔弩张。再度在双礁渡补给时，你们得知畿海出现了大量魔物，畿海驻守的武士捉襟见肘力不从心。在前往紫玉林的途中，你们被夡烈牙催生的魔物袭击，但也遇到了在此地等候你们的束花景明夫妇。
束花景明向你们讲述了被困在菖蒲岛期间，尾冢家和羽浓浅仓家相互勾结，包围了紫玉林，一方想要通灵宝玉，一方索取恪己剑信行。而风涛国不止和樱原产生冲突，赤雷国也在向边界派遣兵力；而黑雷、赤雷接壤的汲壶藩也出现了内乱，其中一方想要加入赤雷国，而“鬼神断角”和他们有所关联。
你们来到了紫玉林，和双礁渡派来清理魔物的武士们联络之后，获得了一些关于尾冢家和浅仓家派遣军的情报。紫玉林的蛇人禁止他们进入，而浅仓家正在和他们共同剿灭魔物，因此双礁渡军势的首领对紫玉林颇有怨词。你们进入了紫玉林，遇到了一名名叫春晨明代子的剑守巫女挑战武颜，武颜在击败她后，得知她的氏族和武颜的氏族立下了婚约。
你们前往此地的神社，发现羽佐间的母亲羽佐间夫人、以及剑术师范大藏平一郎，在海音琉璃得知他们的住处后，被海音琉璃接到了紫玉林居住。海音琉璃讲述了目前的困境：如果要封印夡烈牙，魔物们必然前来进犯，但防御魔物的同时，他们再没有余力防御浅仓家和尾冢家的联军了。恰在此时，尾冢家和羽浓浅仓家的联军前来，为首的是你们在琥眼城见过的狐族武士甚雄。你们并没有谈拢，尾冢家军势暂时离开。
返回后，你们又见到了同样前来支援的丰收之神河野美里命。你们决定依次前往双礁渡、浅仓家、尾冢家三支军队，或者让他们在封印夡烈牙时不做干扰，或者想办法消除他们的威胁。你们首先前往双礁渡，向双礁渡的武士首领说明浅仓家和尾冢家勾结之事，获得了双礁渡的谅解。返回紫玉林后，海音琉璃传授给霞叶海音氏族传承的晦明大结界，并得知了夡烈牙封印是以紫玉珊瑚树林的生命力维持的原理。
你们通过双礁渡武士首领的牵线搭桥，联络上了浅仓家的武士首领。令人惊讶的是，浅仓家的武士首领本就是浅仓家忠于前家主的一系；你们这才知道浅仓家内部也有严重的分裂势头。浅仓家的武士首领将自己自前家主处习得的秘剑教授给了羽佐间茜。
就在此时，尾冢家跟踪浅仓家首领的人马，以及闻风而至的魔物同时出现，三方混战以你们的胜利告终，浅仓家整合军队向紫玉林进发，协助蛇人们防御。你们赶到紫玉林后，发现尾冢家已经全力发动，趁着紫玉林蛇人们和魔物混战的时机，突入了紫玉林的防线，直奔夡烈牙的封印之地而去。
在夡烈牙的封印之处，狐族武士甚雄用不知何处获得的胭脂玉枝，凭借胭脂玉枝转移生命力的特性汲取了紫玉珊瑚树林的生命力、使得夡烈牙的封印摇摇欲坠。防守这里的海音琉璃受了重伤，河野美里命和明代子被甚雄纠缠住，只有你们能够进入封印，击败夡烈牙。
你们进入了封印，夡烈牙也重新醒来，通灵宝玉嵌在它的额头上，而恪己剑信行插在它的背上。霞叶施展了晦明大结界使得夡烈牙无法逃离，随后你们一拥而上击杀了夡烈牙，茜也获得了自己的家传圣剑。
获得了家传圣剑后，茜决定不去羽浓藩争夺浅仓家的家主之位，而是在紫玉林建立新的浅仓家。海音氏族的使命也告一段落，武颜和三御羽琉星也决定在事了之后到紫玉林居住。随后琉星讲述了通灵宝玉的玄妙之处；但他同样无法说明这知识是从何而来，并且他意识到自己的记忆有所问题。
此后河野美里命单独找到了茜，并通过七野樱正辰媛的力量把茜送至四百年前，见到了当时的河野美里；通过茜的传信，四百年前的河野美里得知了月光百合的秘辛。
此时云峨岭正在为支持霞津姬命——从黑雷国独立，还是支持松平家——继续留在黑雷国而摇摆，七野樱正辰媛的态度将会决定云峨岭的态度。茜见到了来自风涛的天神化身辉耀姬，发现她和安央家的辉耀公主的气质一模一样。茜被交托了寻找出走的七野樱正辰媛的任务。除了茜之外，霞津姬命还有一个名为上原雅子的女剑士也在分头寻找七野樱正辰媛。
茜在追踪的过程中遭遇了上原雅子和她的护卫三浦震泽，而松平家的精锐追兵也赶到了。三浦震泽决定留下了拖延时间，而上原雅子和茜直奔七野樱正辰媛所在的水峪城而去。
来到水峪城后，松平家追兵中最精锐的武士也抛弃了三浦震泽，来到了水峪城。为了阻止松平家追兵和七野樱正辰媛接触，茜独自阻拦松平家的大将，上原雅子驱逐他手下的武士。茜和松平家大将同归于尽，上原雅子以净火之力尝试拯救，但还是失败了。
本以为自己死去的茜睁开眼睛，发现自己已经回到了四百年后河野美里命的面前，并且获得了净火媛上原雅子的神力，完成了自己在时间线上的使命。
六、鬼神断角
在紫玉林的事情解决后，七野樱正辰媛和霞津姬命会面，樱原召开议会，决定和赤雷、黑雷结成同盟对抗风涛的压力。
从紫玉林离开后，你们穿过畿海直奔汲壶藩，发现黑雷国和风涛国的边境也是大军对垒。在汲壶藩首府松风港，你们发现人人皆知汲壶藩的叛军赤流组，是汲壶藩藩主山行家养寇自重，向黑雷国近畿讨要粮饷的手段。你们得知赤流组大宗师被山行家捉住，正要送往神都。随后，你们在松风港遇到了在琥眼城遇到过的井上家次子，他告诉你们黑雷国大御神也在怀疑山行家的行事，派遣和山行家没有利益关联的烈阳军前来调查。
黑雷国大御神为了稳定国内，以便专注于抵御风涛国的压力，决定彻底调查山行家的所作所为，而新掌握岳中藩的烈阳军和山行家没有利益关系，就让他们承担了这个任务。黑雷国大御神允诺如果赤流组愿意彻底离开，便不会加以阻拦。你们得知押送赤流组大宗师队伍的行踪，便决定先去打探一下。
你们一路追赶，却发现赤流组已经来袭，和押送队伍殊死血战，同归于尽。而两个自称路过的人——三浦蝉和他的护卫，出现在了这里，而他们不像是参与战斗的人。此时山行家的忍者追踪而至，被你们击退，但你们的身上都沾上了特制的信蜂蜂蜜，依靠特定的信蜂，山行家就能知道你们的行踪。
依靠三浦蝉的机关术，你们打开了押送队伍护送的箱子，但里面并没有赤流组大宗师的身影，你们判断出大宗师被传送法术送走了。随后三浦蝉邀请你们一起到赤流组的驻地和赤流组直接交流一下，并直接揭露了自己的身份，原来他就是尾冢家的公子尾冢蝉。
化名三浦蝉的尾冢蝉代表赤雷国去和赤流组联络，但很奇怪地他似乎非常乐意和你们合作。尾冢新助出于自己的目的要全力推进北原攻略，因此赤雷国在南境要收缩势力，琥眼城和赤流组都是如此。你们得知尾冢家也是长尾家的一条支脉。
你们闯过了山行家的剿赤大营，遭遇了松平家的后人。来到赤流组驻地后，你们发现如今琥眼城的城主、岳中藩藩主亚子也在此地。你们同样见到了赤流组组头，名叫三浦织云的武士。你们得知在二百年前，松平家的军队被黑雷军势包围时，将鬼神断角封印在此地，只有赤流组大宗师亲自持用断首大太刀才能开启封印。如果不将鬼神断角取走，赤流组也不会离开。
因为赤流组驻地的交通被山行家大军隔绝，无法传递消息，你们决定和三浦织云一同前往松风港联络赤流组的眼线，能否寻到大宗师的踪迹。你们来到了作为基地的赤流组忍村，但忍村已经被山行家摧毁了。悄悄打探的骸发现了烈阳军留下的暗记，于是你们决定再度和烈阳军的间谍联络。
烈阳军的间谍们也正在试图联系你们；在探索松风港的过程中，烈阳军的一名术士和山行家忍者合流，他向烈阳军传递了一些消息。那名术士和山行家残余的忍者乘船出海躲避；他们猜测赤流组的大宗师并不在岸上，因为山行家的公子、山行家的水军和大部分松风港的守军前一段时间都出海了。但详情仍然要找到山行家残余的忍者。
你们乘坐黑冰船，向三浦织云大致用通讯术法定位的区域赶去。通过寻找山行家的追击舰队，你们发现了山行家忍者的踪迹；在摧毁了整支山行家分舰队后，你们救出了山行家的忍者头目，她告诉你们现在山行家舰队正在畿海上游荡，而大宗师就被关押在山行家舰队的旗舰上，而他们的航线已经被山行家忍者记下了。
随着你们离开赤流组驻地，三浦织云也变得越来越虚弱。发现山行家舰队后，你们借助黑冰船的船速，直接突击了山行家的旗舰，救出了大宗师松平望。山行家公子也提前逃离了。你们得知三浦织云有奇怪的特性：离赤流组驻地越远便越虚弱，而返回赤流组驻地就会恢复。松平望以鬼神断角为报酬，让你们帮助寻找到抵挡山行家攻势、让赤流组能离开汲壶藩的办法。你们得知尾冢家和山行家原本有一个暗中同盟，但尾冢家已经背盟了。
松平望告诉你们，封印着鬼神断角的赤流组地宫内，有黑雷国大御神的分身守卫，想要取走鬼神断角就必须击败祂。回到赤流组驻地，三浦织云也恢复了。松平望认出尾冢蝉的守卫就是隐姓埋名的斋藤道一。
在和尾冢蝉的对峙中，你们得知尾冢家的家主，尾冢新麻吕的内在就是由长尾家后人，岩盘城三浦家守护的魔剑血玉丸信行封印的邪鬼，胭脂玉树。胭脂玉树的精魂附在了尾冢蝉的祖父尾冢铭麻吕身上，逃离了岩盘城三浦家的封印。但不完整的胭脂玉树精魂在肉身消逝时也会一起消失，因此他一方面在胭脂湖培育了一株胭脂玉树的幼体，另一方面反攻回了岩盘城，借助胭脂玉树本体的力量附身在了儿子尾冢新麻吕身上，而尾冢蝉就是尾冢铭麻吕培养的第三个躯体，很快尾冢蝉就会被胭脂玉树的精魂夺舍。
但是在胭脂玉树附身尾冢新麻吕的时候，因为岩盘城三浦家的殊死反抗，地宫中的血玉丸信行和胭脂玉树本体已经被浸没在堰塞湖下了。想要再度续命，尾冢新麻吕必须借助赤雷国军力，攻略北原藩、将岩盘城旧址占据，并加以发掘，这就是尾冢新麻吕在海国耍弄阴谋的原因。他让尾冢蝉尝试迎娶安央家的辉耀公主，也是为了让奉剑家族支持他的北原攻略。
尾冢新麻吕也陷害了守护着敛心剑信行的南丘道三浦家，解开了风津童子的封印，并让祂在解封之后进攻风涛，削弱风涛另一侧北原藩的防御。但在你们摧毁胭脂湖的胭脂玉树后，尾冢新麻吕就必须加快攻略北原的进度，因此才会如此激进地在赤雷南境进行收缩。
你们和尾冢蝉达成一致后，就在松平望和三浦织云的带领下前往赤流地宫。如你们所料，守卫在这里的就是黑雷国大御神的分身，他自称三浦震泽。而赤流组的组头，三浦织云，正是黑雷国大御神的另一个神相：赤雷国大御神。三浦震泽和三浦织云重新合为一体，但黑雷国大御神的分身对你们并没有太多敌意，反而给你们讲述了神相、神体和神力的秘辛，以及击败神明的方法。黑雷国大御神告诉你们，三御羽琉星持续的衰弱就是因为现在他并没有作为基础的躯体。
黑雷国大御神告诉你们，想要击败神明就要以神力中和对方的神力，并教给你们一些特定神明的神力气息。随后，黑雷国大御神的三个神相化身——最后一个是天之御雷神的化身，名叫三浦行霁的术者——向你们发起了考验。击败了黑雷国大御神化身的你们通过了考验，获得了鬼神断角，而黑雷国大御神的神力激活了十胜镜和灵蛇丸的能力。此时山行家大军不知如何得到了赤流组驻地的位置，将此地团团围困。
在对峙时你们知道山行家的信蜂族群不止一个，因此没能检查出山行家的追迹法门。山行寿麻吕失言道出其中秘辛：汲壶藩松风港的商路收益是黑雷国国有，因此山行家选择养寇自重来获得粮饷。在赤雷国将赤流组撤离后，山行家就是无根之木，因此他想要攫取鬼神断角，无论是反叛到赤雷还是风涛，还是让黑雷国大御神投鼠忌器，都有所依仗。你们记下了山行寿麻吕的疯话，从赤流组驻地的密道，带着一些赤流组的年轻子弟离开。
在你们和黑雷国大御神神相们对战的时候，天之御雷神三浦行霁降临在谏山仁面前。他向谏山仁描述了二十四年前岩盘城被尾冢铭麻吕毁灭、胭脂玉树精魂占据尾冢新麻吕身体、谏山仁祖父开启山洪封印地宫的细节。三浦行霁也描述了风涛天神们的计划：将海国的所有生灵变成天神，然后内外翻转天宇结界逃离海国，脱离时刻被海水威胁的命运。但这个计划有一个问题：天神在行动上有难以弥补的缺陷，天之御雷神可以追溯胭脂玉树精魂入侵的细节，但完全无法出手阻止，只能事后补救。因此他反对让海国的所有生灵变成天神的计划。
在航向赤雷的途中，觉醒后的十胜镜向霞叶传递了更多的信息：邪灵小狐丸只干涉灵魂和意志，不和他人神力交互，因此通常手段根本无法伤害它的实质，长尾信行以性命为代价，让自己的神力能和小狐丸的神力交互，并凭此封印了小狐丸，而小狐丸的剑鞘寄存着长尾信行的神力。此后每一代的长尾巫女都必须在小狐丸抢夺伴侣身躯之前，把他们赶走。霞叶的母亲瑞叶，也是因此让霞叶的父亲元穆造重和妹妹长尾若叶离开。最后，十胜镜记录下了小狐丸脱困的景象：尾冢家的忍者带来了胭脂玉树的玉果，让小狐丸得知胭脂玉树逃脱的消息。霞叶因此得知，小狐丸在附身在他人体内时，十胜镜是无法查探的。
七、月光百合
为了避免嫌疑，尾冢蝉和斋藤道一先行一步离开。你们通过平舆山山路前往赤雷国腹心地区，但是在路上遭遇了奇异的赤色鬼影。你们跟随赤色鬼影找到了束花彩月，她告诉你们因为国府田太政大臣不知为何闭门不出，奉剑家族的势力群龙无首，尾冢家也变得十分激进，束花景明被尾冢新麻吕软禁，而无论是尾冢家还是奉剑家族都在试图抓住她。尾冢家承诺可以用五件宝物之一的月光百合换回束花公子，而月光百合本来就有两支。她提示你们可以去鸣京寻找元穆造重的帮助。你们接受了束花彩月的求助，但在平舆山山路上，你们被鸣京守卫阻截。他们带走了束花彩月，但她把代表束花家家主之位的圣剑御杖谦次托付给了你们。
在路过丹叶城时，你们用霞叶的猫头鹰宠物替三御羽琉星和辉耀姬传信。从安央右大臣处得知，赤雷国大御神曾经来访过丹叶城，拜访过辉耀姬。你们来到鸣京，寻得了玄海家旗下的菖意商会帮助。借助菖意商会的关系，你们来到了元穆宅，见到了霞叶的父亲元穆造重和妹妹若叶。
元穆造重告诉你们，尾冢新麻吕已经掌握了赤雷朝政，不需要和安央家联姻了，他们需求月光百合一定另有用途；但他仍然支持用月光百合换取束花公子，但需要有可信的中间人。除此之外，国府田太政大臣突兀的闭门不出也十分蹊跷，赤雷国大御神最近的行踪也很奇怪，祂又离开鸣京前往海围边了。你们决定先去打探一下国府田宅的情况。
你们再度借助菖意商会的门路，假扮是交割货物的商人，进入了国府田宅，却发现国府田宅内戒备森严、鬼气森森。忽然国府田家的小姐国府田淡雪袭击了你们，击退她后，你们见到了国府田太政大臣，方知国府田淡雪已经被邪鬼附体了。由于国府田家隔代分别传承着国府田家祖神，国府田龙神的神力和神相记忆，因此国府田淡雪不能有失，否则国府田龙神就没有复活的希望。尾冢家拿捏着安抚国府田淡雪的秘法，换取国府田太政大臣的不理朝政。
国府田太政大臣同意充当中间人。随后你们直奔尾冢家，和尾冢左大臣交涉。在路上你们遭遇了明显是嫁祸的袭击，倾向尾冢家的警察和倾向奉剑家族的卫队几乎火并，反而是尾冢蝉替你们解了围。你们和尾冢蝉装作互不认识，来到了尾冢宅，见到了尾冢左大臣。尾冢左大臣同意用束花公子换月光百合，但你们发现面前的尾冢左大臣多有掩饰，行动也迟钝得反常。
救出束花公子后，他告诉你们一个惊人的消息：这段时间尾冢左大臣并不在鸣京，他已经暗中前往青林边，马上要攻略北原了。而北原藩的盟主，羯栏城的高取家家主，一开始就是尾冢家的奸细，因此北原藩联军绝对挡不住尾冢家的攻击。束花公子告诉你们月光百合的神妙：它可以将时间任意压缩或拉长，因此尾冢铭麻吕在无法攻取岩盘城更换身体时，可以用月光百合来续命，但尾冢左大臣仍然迟早要攻下岩盘城遗址取回自己的本体。
于是你们通过束花家的传送阵直奔青林边朱枚家，击破了尾冢家留在朱枚家的护卫，截住了马上要被带走的朱枚家家主。你们发现尾冢家的旗本武士，已经被转化成了类似白玉兽的魔物。从朱枚家主那里你们得到了第二支月光百合，因尾冢家而丧子的朱枚家主一直在调查尾冢家，并得知当初鬼胫丸吾家直接攻击鹰回城就是出自尾冢家的授意，由高取家执行：他们用鬼胫丸吾家的宿敌日炎秋宗光信，引诱鬼胫丸吾家去攻击鹰回城。
此时尾冢家的大军已经突破边界，进入了北原藩，你们连忙前往驻守在羯栏城的北原藩联军处通风报信。然而北原藩联军的防御并不让人满意；你们来到了少数守备森严的梅本家营地，见到了谏山仁的家主梅本彩梨。梅本彩梨得知了你们的情报，并告诉你们高取家确实不允许联军入城守御；她的斥候打探到情报，尾冢家的军队由两个不同部分组成，赤雷新军和尾冢家旗本，他们并非完全一致。而城中内线的消息是，高取家大多数人，也不知道高取家主和尾冢家串通这件事。你们决定潜入羯栏城探一探情况。
收集羯栏城的流言后，你们发现高取家主的堂兄，高取原山大兄和高取家主突发嫌隙被软禁，决定到高取原山大兄那里打听一下线索。高取原山大兄表示他不支持高取家主和尾冢家勾结，并暗示你们在羯栏城天守阁顶有秘密，解密要靠“回头是岸”四字。你们决定先和梅本彩梨的城中内线会和，那是一名高取家的年轻武士。
你们告诉高取家的年轻武士，高取家主和尾冢家勾结的事实，并煽动他们发起兵变向高取家主询问真相。趁着高取家的年轻武士和成年武士对峙，你们绕行进入本丸天守阁，见到了高取家主高取玄尚。高取玄尚劝说你们同流合污不成，便动起手来，被你们击败。而仁解开了“回头是岸”的谜题，从高取原山的秘境封印中得到了高取家和尾冢家勾结的书信证据，并得知尾冢家会在决战中再度唤醒鬼胫丸吾家。在事实面前，高取家武士也接受了你们的说法，并推举高取原山大兄继承家主之位。
随后北原藩各路诸侯开始会盟，高取原山大兄讲述了高取家的经历；他和高取玄尚原本只是高取家的分家子弟，凭借尾冢家的帮助上位，高取家能有北原盟主的地位也依靠了尾冢家出卖赤雷国情报。高取玄尚接受了尾冢左大臣给予的力量种子，并和高取原山一起制作了保存尾冢家书信的封印，作为和尾冢家能够同归于尽的威胁。
后来高取玄尚变得逐渐疯狂，在高取玄尚清醒时他们抹去了高取玄尚的记忆，并让他本能地继续保存书信证据，而尾冢家攻击羯栏城时必然会不惜代价毁掉这些证据。随后你们制定了作战计划：首先散播尾冢家和高取家串通的消息扰乱对方军心，随后引诱赤雷新军入城用少量兵力和天守阁城防牵制住他们，并用断龙石和雾墙结界隔绝内外，随后用滑翔翼和地道将大军转移出成，击破尾冢家的旗本卫队，打败尾冢新麻吕。高取原山大兄则坐镇天守阁顶，用秘法欺骗尾冢新麻吕让他以为高取玄尚一切正常，并告知他错误的计划。
你们按照计划行事，而邪鬼鬼胫丸也如你们所料出现。梅本彩梨使用日炎秋宗光信破解了鬼胫丸的瘴气和伥鬼，而你们联手击败了鬼胫丸的本体。见势不妙的尾冢左大臣通过传送离开，但羯栏城天守阁也被白玉魔物化的尾冢家旗本武士摧毁，高取原山大兄牺牲。
那个在高取家的内线告诉你们原委：高取原山大兄将白玉魔物和自己融合，只有这样才能欺骗尾冢新麻吕的感知，让他以为那些书信证据还在天守阁顶。而赤雷新军放弃了抵抗，并将被遣返回赤雷国。北原藩重新会盟，梅本家成为了北原藩的新盟主，而做出了重大牺牲的高取家会得到大量的重建援助。你们则带着尾冢家背叛赤雷国的书信铁证，告别了梅本彩梨回到赤雷国。
